Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RNU2-37P-201ENST00000410695 177 ntBASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 TBCAP1-201ENST00000436520 327 ntBASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC099794.1-201ENST00000450811 447 ntTSL 3 BASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC092991.1-201ENST00000477176 376 ntBASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RPL36AP48-201ENST00000485521 314 ntBASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC117454.1-201ENST00000491120 168 ntBASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC104393.1-201ENST00000517495 255 ntTSL 3 BASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 LINC01965-204ENST00000545549 575 ntTSL 4 BASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC039056.2-201ENST00000622261 511 ntBASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AL354798.1-201ENST00000622505 329 ntBASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 NRDE2-210ENST00000628832 132 ntTSL 5 BASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC110774.1-201ENST00000623567 2018 ntBASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 UBA6-201ENST00000322244 9564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MYCBP2-211ENST00000544440 14664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MCF2-201ENST00000338585 2826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 SGIP1-206ENST00000435165 3646 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 Z82217.1-201ENST00000625157 8149 ntBASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 EFR3A-208ENST00000637848 2547 ntTSL 5 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 THOC1-219ENST00000616322 2078 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RC3H2-203ENST00000373670 9248 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RAP2C-AS1-202ENST00000441399 3473 ntTSL 2 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 KRTAP19-8-201ENST00000382822 318 ntAPPRIS P1 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 Y_RNA.521-201ENST00000384560 114 ntBASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 C1orf195-201ENST00000424792 255 ntTSL 2 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 LINC02534-201ENST00000446525 283 ntTSL 3 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 KRTAP13-6P-201ENST00000508999 371 ntBASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AL160314.2-204ENST00000554730 380 ntTSL 5 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC025627.2-201ENST00000576220 160 ntBASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MIR5685-201ENST00000579080 79 ntBASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC023490.3-201ENST00000621762 358 ntTSL 3 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AP000550.4-201ENST00000639507 358 ntTSL 3 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 ZNF107-203ENST00000395391 6094 ntTSL 1 (best) BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 BLM-208ENST00000560509 3966 ntTSL 1 (best) BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 CNOT4-202ENST00000356162 2594 ntTSL 5 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 SLC17A4-203ENST00000439485 3699 ntTSL 5 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 TTC21B-AS1-201ENST00000440322 2260 ntTSL 4 BASIC4.19□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MBNL1-218ENST00000485910 4257 ntTSL 1 (best) BASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 POSTN-202ENST00000379743 3196 ntTSL 1 (best) BASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RNU6-1180P-201ENST00000364935 107 ntBASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RNU6-768P-201ENST00000384683 107 ntBASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MIR670-201ENST00000390142 98 ntBASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 PTMAP2-201ENST00000397627 327 ntBASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RNU6-588P-201ENST00000410281 105 ntBASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RHEBP3-201ENST00000411920 351 ntBASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 SNRPGP5-201ENST00000456003 220 ntBASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RPS4XP2-201ENST00000458402 793 ntBASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RNU7-143P-201ENST00000516781 65 ntBASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RNU2-56P-201ENST00000516826 190 ntBASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 LINC02442-202ENST00000540761 382 ntTSL 2 BASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AL138880.2-201ENST00000616214 239 ntBASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MIR7702-201ENST00000621931 59 ntBASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 SPTY2D1-AS1-205ENST00000635674 450 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC068647.2-201ENST00000637380 353 ntBASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 ZNF345-214ENST00000612719 2938 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC4.18□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC114316.2-202ENST00000502934 2957 ntTSL 2 BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AKT3-201ENST00000263826 7081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MCF2-203ENST00000370576 3688 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 SYT14-208ENST00000637265 13567 ntTSL 5 BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AL513302.2-201ENST00000562313 1842 ntBASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 CALCRL-203ENST00000410068 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MIR23A-201ENST00000385245 73 ntBASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MS4A4E-202ENST00000398986 522 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MIR1185-2-201ENST00000408687 86 ntBASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AL360175.1-201ENST00000426547 285 ntTSL 5 BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 LINC00630-205ENST00000440496 2101 ntTSL 1 (best) BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 LINC01073-201ENST00000441659 149 ntTSL 3 BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AL133547.1-201ENST00000448546 220 ntBASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RBMY2UP-201ENST00000453474 324 ntBASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 LINC02276-201ENST00000508388 138 ntTSL 3 BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 LINC02459-201ENST00000551761 474 ntTSL 3 BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MIR3646-201ENST00000578301 84 ntBASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AP005271.1-201ENST00000582470 412 ntTSL 3 BASIC4.17□□□□□ -1.74
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USP4Q13107 ZNF266-203ENST00000588933 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 ERBIN-214ENST00000511297 4257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 PTPN22-207ENST00000528414 3424 ntTSL 1 (best) BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 DOCK7-201ENST00000251157 7084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC087521.2-201ENST00000499066 2190 ntTSL 2 BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 STEAP4-201ENST00000301959 2321 ntTSL 1 (best) BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 KTN1-214ENST00000554507 2057 ntTSL 1 (best) BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 DOCK7-219ENST00000635253 6423 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.17□□□□□ -1.74
USP4Q13107 LIG4-201ENST00000356922 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 SPAM1-206ENST00000460182 2154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 Y_RNA.124-201ENST00000363339 93 ntBASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AP002088.1-201ENST00000382740 395 ntBASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MIR200C-201ENST00000384980 68 ntBASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MIR586-201ENST00000385035 97 ntBASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 SNORA36B-201ENST00000410438 131 ntBASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC092941.1-201ENST00000415940 427 ntTSL 5 BASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 KRTAP25-1-201ENST00000416044 370 ntAPPRIS P1 BASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 CFAP100-207ENST00000510833 481 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 SNORA70.14-201ENST00000516205 110 ntBASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RPL17P51-201ENST00000605218 238 ntBASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC012640.5-201ENST00000623897 319 ntBASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 TUSC7-203ENST00000477539 2415 ntTSL 1 (best) BASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 PLS1-201ENST00000337777 3755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 POU2F1-204ENST00000367866 13905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.16□□□□□ -1.74
USP4Q13107 ADGRL2-207ENST00000370723 5254 ntTSL 5 BASIC4.15□□□□□ -1.74
USP4Q13107 ADAMTS9-AS1-207ENST00000594810 3609 ntTSL 4 BASIC4.15□□□□□ -1.74
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