Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CXorf65-201ENST00000374251 601 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 MIR15B-201ENST00000385045 98 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 SNORA48.5-201ENST00000391143 135 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 SNORA12-201ENST00000391162 147 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AL606845.1-201ENST00000404881 255 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AL139281.1-201ENST00000422120 335 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AL445584.1-201ENST00000431451 330 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 TSPY5P-202ENST00000456541 142 ntTSL 3 BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RPL23AP62-201ENST00000463396 453 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AP002884.2-201ENST00000471647 395 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RPL32P34-201ENST00000486380 400 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 SRIP1-201ENST00000489235 288 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC025554.1-201ENST00000505641 188 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 MIR4724-201ENST00000579485 89 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 LARP7P3-201ENST00000579888 337 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 MIR4429-201ENST00000580105 73 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 MIR5688-201ENST00000580619 83 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AL606490.9-201ENST00000603331 271 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AD001527.1-201ENST00000604228 379 ntTSL 5 BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC099778.2-201ENST00000610904 211 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 HOTTIP_4.1-201ENST00000618195 165 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC104971.4-201ENST00000622763 249 ntTSL 5 BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 ZNF644-212ENST00000621077 2056 ntTSL 5 BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 DAZ4-202ENST00000382314 3910 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 SNHG14-215ENST00000551631 4008 ntTSL 5 BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 LGI1-210ENST00000629035 2251 ntTSL 5 BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 NR5A2-201ENST00000236914 3115 ntTSL 1 (best) BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 PLCL1-203ENST00000437704 5979 ntTSL 1 (best) BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 SLC25A46-204ENST00000504098 2345 ntTSL 5 BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 N4BP2L2-201ENST00000267068 9427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU6-1325P-201ENST00000364905 105 ntBASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU6-750P-201ENST00000390946 107 ntBASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 MARCH7-203ENST00000409591 2147 ntTSL 2 BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 HSPE1P21-201ENST00000438283 308 ntBASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 PPP2R2B-IT1-201ENST00000505921 447 ntTSL 3 BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 SNORA70.12-201ENST00000516084 153 ntBASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC090138.1-201ENST00000524493 578 ntTSL 4 BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC136475.4-201ENST00000534271 280 ntTSL 5 BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC009803.1-201ENST00000551531 416 ntTSL 3 BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC138625.2-201ENST00000563968 551 ntTSL 3 BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC025754.2-201ENST00000606491 432 ntBASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU1-30P-201ENST00000606575 163 ntBASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC011603.4-201ENST00000611325 277 ntBASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AL136164.4-201ENST00000625013 2135 ntBASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 ADAM29-211ENST00000514159 3010 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 OR6C1-202ENST00000642104 2055 ntAPPRIS P1 BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 GDAP2-202ENST00000369443 8828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AL157396.1-201ENST00000630034 8444 ntTSL 1 (best) BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 ZNF92-204ENST00000450302 2957 ntTSL 1 (best) BASIC4.23□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC018462.1-201ENST00000425966 1684 ntTSL 1 (best) BASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 PMS1-215ENST00000447232 2576 ntTSL 2 BASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AL161912.2-201ENST00000565707 3007 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 ZNF43-210ENST00000598381 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 MANEA-201ENST00000358812 4575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 UBE3AP2-201ENST00000429033 2259 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 Y_RNA.361-201ENST00000365515 120 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU6-144P-201ENST00000383951 107 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU6-643P-201ENST00000384018 107 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU6-80P-201ENST00000384195 107 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU1-57P-201ENST00000384491 166 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
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USP4Q13107 RNU6-1228P-201ENST00000391014 107 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
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USP4Q13107 RN7SL585P-201ENST00000470538 280 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
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USP4Q13107 RNU4-57P-201ENST00000515980 135 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 SNORA67.7-201ENST00000516664 135 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC087362.2-201ENST00000529325 256 ntTSL 3 BASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC009320.1-201ENST00000549070 349 ntTSL 3 BASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 MIR3158-1-201ENST00000583596 81 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC026523.1-201ENST00000617221 490 ntTSL 5 BASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC026241.1-201ENST00000517873 2142 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 CRISPLD1-205ENST00000523524 2100 ntTSL 2 BASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 DMD-230ENST00000620040 13746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 MBNL1-220ENST00000493459 4205 ntTSL 1 (best) BASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 ZNF702P-202ENST00000434269 1966 ntBASIC4.22□□□□□ -1.73
USP4Q13107 G2E3-201ENST00000206595 5804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.21□□□□□ -1.73
USP4Q13107 THEMIS-202ENST00000368250 4101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MIR367-201ENST00000362299 68 ntBASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 U8.7-201ENST00000364940 136 ntBASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RNU6ATAC-201ENST00000408749 126 ntBASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RNU6-383P-201ENST00000410864 94 ntBASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 LINC01969-201ENST00000514468 455 ntTSL 3 BASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AL355512.1-202ENST00000607952 209 ntTSL 5 BASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MIR6868-201ENST00000611215 58 ntBASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MIR6844-201ENST00000637122 62 ntBASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 GCSAML-203ENST00000366491 4130 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MACC1-205ENST00000589011 2686 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 LINC01733-201ENST00000449316 4604 ntTSL 1 (best) BASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 DNAH6-201ENST00000237449 12666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 CENPQ-201ENST00000335783 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 QSER1-204ENST00000527788 5052 ntTSL 2 BASIC4.21□□□□□ -1.74
USP4Q13107 LCOR-204ENST00000371103 10342 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 SUCNR1-201ENST00000362032 4181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 OSBPL8-202ENST00000393249 7047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RNU6-728P-201ENST00000365375 104 ntBASIC4.2□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RNU6-460P-201ENST00000391158 108 ntBASIC4.2□□□□□ -1.74
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