Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.6 ms