Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
USP4Q13107 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
USP4Q13107 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP4Q13107 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
USP4Q13107 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
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