Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF1P22415 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USF1P22415 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USF1P22415 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USF1P22415 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USF1P22415 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USF1P22415 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF1P22415 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF1P22415 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
USF1P22415 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms