Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.88
NPHP4O75161 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NPHP4O75161 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms