Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AP001324.2-201ENST00000461163 319 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RPL23AP14-201ENST00000468281 468 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SNRPGP7-201ENST00000469016 106 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC093840.1-201ENST00000511599 336 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MFAP5-211ENST00000540087 492 ntTSL 1 (best) BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ZNF192P1-203ENST00000565888 810 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC134312.3-201ENST00000566155 213 ntTSL 2 BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AF001550.1-201ENST00000572747 573 ntTSL 4 BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC245748.3-201ENST00000588710 241 ntTSL 3 BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 OR4C16-201ENST00000623907 933 ntAPPRIS P1 BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 USP8-202ENST00000396444 19026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 PCDH11X-205ENST00000373094 9179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SKIL-201ENST00000259119 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 OR5A1-202ENST00000641045 8612 ntAPPRIS P1 BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 CAST-201ENST00000309190 4282 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 C21orf91-201ENST00000284881 5433 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 HACD4-202ENST00000495827 8267 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 EMCN-201ENST00000296420 4037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 TLK1-212ENST00000521943 2605 ntTSL 2 BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MARK2P15-201ENST00000432204 2186 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MAP2-202ENST00000360351 9711 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 LINS1-201ENST00000314742 4821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 FTLP6-201ENST00000355274 422 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SNORD32A-201ENST00000364805 84 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SNORD116-20-201ENST00000384529 92 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MIR487A-201ENST00000385009 80 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MIR329-1-201ENST00000385028 80 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-159P-201ENST00000391080 106 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL590762.2-201ENST00000395798 571 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MTHFD2P2-201ENST00000407725 247 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL390729.2-201ENST00000416137 156 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC084149.1-201ENST00000437233 284 ntTSL 5 BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SETP5-201ENST00000437270 562 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MRPS10P1-201ENST00000448483 130 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RPS23P7-201ENST00000466210 444 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC020890.1-201ENST00000491837 504 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AP003128.1-201ENST00000531414 448 ntTSL 2 BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AF099810.1-201ENST00000554219 525 ntTSL 3 BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL391261.3-201ENST00000557194 520 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MIR4277-201ENST00000578298 84 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC079070.1-201ENST00000578740 555 ntTSL 2 BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 hsa-mir-548d-2.1-201ENST00000582790 97 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 KLKP1-201ENST00000595979 403 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AP001485.1-201ENST00000604799 199 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC016747.2-202ENST00000607743 332 ntTSL 5 BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SNORA43.4-201ENST00000629559 138 ntBASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ECT2-211ENST00000441497 2825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 NFIB-211ENST00000606230 2311 ntTSL 5 BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 CNTRL-205ENST00000373850 5824 ntTSL 2 BASIC4.87□□□□□ -1.63
USP4Q13107 CSMD3-201ENST00000297405 13212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 C6-202ENST00000337836 3551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 PNPLA8-204ENST00000426128 4268 ntTSL 5 BASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 FMNL2-202ENST00000475377 3648 ntTSL 5 BASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SNORD56.1-201ENST00000362913 68 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU1-140P-201ENST00000365040 165 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.308-201ENST00000365043 101 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 U3.15-201ENST00000365398 212 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-1145P-201ENST00000384246 107 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 U8.10-201ENST00000384260 133 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-1081P-201ENST00000384537 107 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6ATAC5P-201ENST00000388104 126 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL592291.1-201ENST00000403830 352 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 EIF4HP2-201ENST00000424380 563 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ATP2B2-IT1-201ENST00000440152 472 ntTSL 3 BASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL162591.2-201ENST00000449634 317 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RPL23AP3-201ENST00000453844 468 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-1073P-201ENST00000517182 106 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AP001781.1-201ENST00000530977 207 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 LINC01570-201ENST00000561572 434 ntTSL 3 BASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 LINC00904-201ENST00000604453 471 ntTSL 2 BASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL356218.2-201ENST00000605264 187 ntBASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 CSMD3-203ENST00000343508 13018 ntTSL 1 (best) BASIC4.86□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNF180-202ENST00000389100 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.85□□□□□ -1.63
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USP4Q13107 VIRMA-201ENST00000297591 6528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 TMEM30A-202ENST00000370050 3775 ntTSL 1 (best) BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ATF7IP-209ENST00000536444 8774 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 BBX-206ENST00000415149 8930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC107068.1-201ENST00000563286 4218 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 OR13G1-202ENST00000642119 2568 ntAPPRIS P1 BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC006971.1-201ENST00000407916 4486 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 PTPRD-201ENST00000355233 8251 ntTSL 1 (best) BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ZBBX-202ENST00000392764 2849 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 PCDH9-201ENST00000377861 28227 ntTSL 1 (best) BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 C6-201ENST00000263413 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ZNF780B-202ENST00000434248 8665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ZNF780B-207ENST00000617676 8664 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNA5SP502-201ENST00000362694 119 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SNORA70.2-201ENST00000364506 135 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SNORA71.2-201ENST00000364941 134 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SNORD50.2-201ENST00000365465 70 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 U3.22-201ENST00000391120 215 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL121872.1-202ENST00000435867 308 ntTSL 5 BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 POLR2KP2-201ENST00000438155 177 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL353743.2-202ENST00000439544 473 ntTSL 3 BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MTATP6P7-201ENST00000453315 681 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-58P-201ENST00000517143 103 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AP002004.1-207ENST00000531371 526 ntTSL 1 (best) BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 TOMM20P2-201ENST00000540082 421 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC010197.1-201ENST00000541860 578 ntTSL 4 BASIC4.85□□□□□ -1.63
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