Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC9Q9Y3X0 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms