Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SERPINA7-201ENST00000327674 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.09□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SMG1P3-204ENST00000520823 3194 ntTSL 5 BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ZMYND11-217ENST00000627286 3914 ntTSL 5 BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SLC44A5-202ENST00000370859 3896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ZBTB21-201ENST00000310826 7449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 FAM135A-210ENST00000505868 5173 ntTSL 5 BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 CCDC82-201ENST00000278520 2941 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SYTL2-213ENST00000525702 2727 ntTSL 1 (best) BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SLC24A2-202ENST00000341998 10749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 GYPA-202ENST00000360771 2659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU1-94P-201ENST00000362627 173 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 Y_RNA.291-201ENST00000364886 113 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 U3.30-201ENST00000391308 210 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU2-68P-201ENST00000410878 191 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC007738.1-201ENST00000413892 348 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RPL17P36-201ENST00000420302 549 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RPL27AP8-201ENST00000424277 446 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC092017.2-201ENST00000427600 362 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AL133268.3-201ENST00000428903 577 ntTSL 5 BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AF230666.1-201ENST00000429151 786 ntTSL 2 BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC009296.1-201ENST00000443146 155 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 BTF3P6-201ENST00000448054 499 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC114814.3-201ENST00000449362 663 ntTSL 2 BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 HMGB3P16-201ENST00000508037 287 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC074198.2-201ENST00000508153 258 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC104002.2-201ENST00000553919 318 ntTSL 5 BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RN7SL690P-201ENST00000582087 240 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AL713866.2-201ENST00000603579 219 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNA5SP108-201ENST00000605921 117 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AP002826.1-201ENST00000608835 315 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 MIR378J-201ENST00000611988 109 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC090132.2-201ENST00000615881 347 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 MIR7641-1-201ENST00000627518 61 ntBASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ENPP3-202ENST00000358229 3026 ntTSL 1 (best) BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 PPP2R5A-205ENST00000537030 1719 ntTSL 2 BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ZNF415-201ENST00000243643 2270 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 MTRR-202ENST00000440940 3215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.08□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ZNF705D-202ENST00000400085 3377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 PMP2-201ENST00000256103 3608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 TLK1-206ENST00000434911 2156 ntTSL 2 BASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 MGAT4C-211ENST00000621808 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-879P-201ENST00000364328 108 ntBASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNA5SP240-201ENST00000365355 128 ntBASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 TRAJ6-201ENST00000390531 62 ntAPPRIS P1 BASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SNORA53-201ENST00000391141 249 ntBASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC114755.2-201ENST00000413520 361 ntBASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 TBCAP2-201ENST00000416175 326 ntBASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 PTP4A2-203ENST00000470404 575 ntTSL 3 BASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RN7SL481P-201ENST00000477764 299 ntBASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SCARNA22-201ENST00000503991 125 ntBASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RN7SKP276-201ENST00000516242 268 ntBASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 UBE2Q2P8-201ENST00000560644 102 ntBASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC004147.3-201ENST00000577709 375 ntTSL 3 BASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC209154.1-201ENST00000582156 337 ntBASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 Z83818.1-201ENST00000603584 150 ntBASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 EMSY-205ENST00000524767 4116 ntTSL 1 (best) BASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SDHC-202ENST00000367975 13566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 CDH17-201ENST00000027335 3693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 TEX9-207ENST00000560582 2005 ntTSL 3 BASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 TLK1P1-201ENST00000456760 2440 ntBASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SPART-202ENST00000438666 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 LYST-202ENST00000389794 12985 ntTSL 5 BASIC5.07□□□□□ -1.6
USP4Q13107 INPP4B-215ENST00000509777 4334 ntTSL 5 BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC091534.1-201ENST00000548779 1751 ntTSL 2 BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ACE2-202ENST00000427411 3507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 TET2-202ENST00000305737 9233 ntTSL 1 (best) BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC118758.3-201ENST00000624628 24137 ntTSL 5 BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SGIP1-204ENST00000371039 4080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SLC9C1-201ENST00000305815 4172 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-858P-201ENST00000362436 107 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SNORA73.1-201ENST00000363107 205 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU1-32P-201ENST00000363937 159 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNY4P28-201ENST00000365281 93 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-968P-201ENST00000384076 107 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
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USP4Q13107 RNU6-72P-201ENST00000384285 79 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-843P-201ENST00000384454 104 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-18P-201ENST00000384527 107 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AL357515.1-201ENST00000402967 542 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RPL35AP21-201ENST00000437667 333 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC005154.2-201ENST00000438110 379 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 LINC00280-201ENST00000439525 448 ntTSL 2 BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC124916.1-201ENST00000444020 547 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 TMSB4XP3-201ENST00000445144 114 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AL390961.1-201ENST00000446557 319 ntTSL 2 BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AL356421.2-201ENST00000446733 197 ntTSL 3 BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 Z99127.1-202ENST00000448686 526 ntTSL 2 BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AL353705.4-201ENST00000449661 238 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC010326.1-201ENST00000462726 602 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC132825.2-201ENST00000483901 504 ntTSL 5 BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-1278P-201ENST00000516130 107 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNA5SP291-201ENST00000517222 105 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC022559.1-201ENST00000520905 205 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC084880.2-201ENST00000536009 501 ntTSL 3 BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 UTS2-201ENST00000054668 420 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 LINC02386-202ENST00000551287 564 ntTSL 4 BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 U6.99-201ENST00000637524 83 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 U2SURP-208ENST00000473835 7276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 VCAM1-203ENST00000370115 2475 ntTSL 5 BASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 MUC7-201ENST00000304887 2443 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.06□□□□□ -1.6
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