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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC025588.2-201 | ENST00000604851 | 466 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | ST7-OT4_1.1-201 | ENST00000615322 | 200 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | PCMTD1P7-201 | ENST00000634506 | 357 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC084035.1-201 | ENST00000634543 | 607 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MUM1L1-203 | ENST00000372552 | 3957 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.99 | □□□□□ -1.93 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL607023.1-201 | ENST00000620045 | 248 nt | BASIC | 2.99 | □□□□□ -1.93 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | DNAJC2-201 | ENST00000249270 | 1846 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | OR2L2-203 | ENST00000642011 | 4225 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | C6orf10-202 | ENST00000375015 | 2173 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MTND4P27-201 | ENST00000450813 | 1354 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MCF2-208 | ENST00000519895 | 3346 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | DYNC2H1-202 | ENST00000375735 | 13678 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC093536.2-201 | ENST00000565257 | 1406 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC004520.1-201 | ENST00000608362 | 1413 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR22-201 | ENST00000362190 | 85 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC007064.1-201 | ENST00000412238 | 351 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | LINC01674-201 | ENST00000427446 | 504 nt | TSL 3 BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | ELOCP14-201 | ENST00000428070 | 331 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC004160.1-205 | ENST00000428967 | 577 nt | TSL 4 BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL354941.1-201 | ENST00000438600 | 464 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RBM43P1-201 | ENST00000476891 | 1081 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC074033.2-201 | ENST00000480669 | 535 nt | TSL 3 BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RPS27AP10-201 | ENST00000496103 | 208 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | UBTFL10-201 | ENST00000528532 | 562 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |