Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC9Q9Y3X0 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms