Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HLA-CQ95604 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
HLA-CQ95604 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
HLA-CQ95604 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
HLA-CQ95604 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
HLA-CQ95604 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
HLA-CQ95604 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
HLA-CQ95604 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
HLA-CQ95604 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
HLA-CQ95604 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
HLA-CQ95604 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
HLA-CQ95604 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms