Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL18A1P39060 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms