Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88BA6NC98 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88BA6NC98 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC33.05■■■□□ 2.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms