Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0I3

CCDC113, Coiled-coil domain-containing protein 113, humanhuman

Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC113Q9H0I3 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC113Q9H0I3 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC113Q9H0I3 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms