Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN9AQ15858 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN9AQ15858 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms