Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms