Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A1P02462 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL4A1P02462 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL4A1P02462 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL4A1P02462 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL4A1P02462 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL4A1P02462 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL4A1P02462 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL4A1P02462 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.7 ms