Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4CQ96CF2 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC22.77■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4CQ96CF2 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.7 ms