Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS54Q9P1Q0 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms