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| RUNX3 | Q13761 | AC016877.3-201 | ENST00000606778 | 504 nt | BASIC | 3.35 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL162591.3-201 | ENST00000607963 | 681 nt | TSL 3 BASIC | 3.35 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007349.4-201 | ENST00000608114 | 532 nt | BASIC | 3.35 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC110609.1-201 | ENST00000608228 | 303 nt | TSL 3 BASIC | 3.35 | □□□□□ -1.87 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC107075.1-201 | ENST00000613695 | 314 nt | BASIC | 3.35 | □□□□□ -1.87 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | ATP2B1-202 | ENST00000359142 | 6977 nt | TSL 5 BASIC | 3.35 | □□□□□ -1.87 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AP005901.5-201 | ENST00000545779 | 1796 nt | BASIC | 3.35 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ARAP2-210 | ENST00000618163 | 2592 nt | TSL 5 BASIC | 3.35 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SLC39A10-202 | ENST00000409086 | 5432 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.35 | □□□□□ -1.87 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | CCDC54-201 | ENST00000261058 | 1444 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.35 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CCSER1-201 | ENST00000432775 | 3927 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.35 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR9K2-202 | ENST00000641329 | 3120 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.35 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RAD17-202 | ENST00000305138 | 3164 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.35 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PRKD3-202 | ENST00000379066 | 6111 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DST-201 | ENST00000244364 | 16742 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PDCL2-201 | ENST00000295645 | 861 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PPIL4-202 | ENST00000340881 | 1089 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | IGLV5-37-201 | ENST00000390300 | 374 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL008987.1-201 | ENST00000415528 | 237 nt | BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC106873.1-201 | ENST00000420664 | 459 nt | TSL 3 BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL133371.2-201 | ENST00000556624 | 294 nt | TSL 3 BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC099793.1-201 | ENST00000567538 | 285 nt | TSL 3 BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC061975.8-201 | ENST00000587058 | 721 nt | BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC006539.2-201 | ENST00000601729 | 572 nt | BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL139344.1-201 | ENST00000605228 | 195 nt | BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | C1orf185-204 | ENST00000612209 | 899 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL36A-210 | ENST00000614077 | 881 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC105227.2-201 | ENST00000615075 | 605 nt | BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NEAT1-205 | ENST00000616315 | 483 nt | TSL 2 BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | KBTBD2-208 | ENST00000621876 | 1196 nt | TSL 5 BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC006386.2-201 | ENST00000624491 | 75 nt | BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC012005.1-201 | ENST00000624575 | 75 nt | BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.87 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SMCO3-201 | ENST00000316048 | 2104 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SUGT1-201 | ENST00000310528 | 14131 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 3.34 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC058791.1-201 | ENST00000608412 | 3198 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL365361.1-201 | ENST00000566942 | 3481 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CNGB3-201 | ENST00000320005 | 4347 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HTN1-201 | ENST00000246896 | 580 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HMGB1P5-201 | ENST00000255320 | 642 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC016716.1-201 | ENST00000265882 | 708 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DEFB112-201 | ENST00000322246 | 342 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | GSTA1-201 | ENST00000334575 | 1019 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR5W2-201 | ENST00000344514 | 933 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU1-70P-201 | ENST00000362618 | 164 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-839P-201 | ENST00000363347 | 108 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU1-140P-201 | ENST00000365040 | 165 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | EIF1AY-202 | ENST00000382772 | 746 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | KRTAP27-1-201 | ENST00000382835 | 682 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.408-201 | ENST00000383987 | 102 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-83P-201 | ENST00000384568 | 112 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HNRNPDP2-201 | ENST00000406475 | 478 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL049765.1-201 | ENST00000416237 | 573 nt | TSL 5 BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00845-201 | ENST00000417931 | 696 nt | TSL 2 BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC004543.1-201 | ENST00000418764 | 369 nt | TSL 5 BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009237.2-201 | ENST00000421358 | 284 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL391832.1-201 | ENST00000423963 | 423 nt | TSL 5 BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Z93242.1-201 | ENST00000427102 | 353 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL139230.1-201 | ENST00000440094 | 425 nt | TSL 3 BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC010975.1-201 | ENST00000443301 | 669 nt | TSL 3 BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC004160.1-211 | ENST00000445839 | 565 nt | TSL 4 BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HMGB1P16-201 | ENST00000447155 | 540 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL7P59-201 | ENST00000447700 | 943 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NANOGNBP1-201 | ENST00000448444 | 480 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL23AP15-201 | ENST00000450202 | 459 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BCL2L15-204 | ENST00000471267 | 267 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC010683.1-201 | ENST00000473673 | 378 nt | BASIC | 3.33 | □□□□□ -1.88 | | |