Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 TNFSF4-201ENST00000281834 3470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 PHACTR2-207ENST00000427704 9531 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC004852.2-201ENST00000614289 2218 ntTSL 1 (best) BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 TSACC-205ENST00000368255 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 GNG5P2-201ENST00000372054 207 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 Y_RNA.574-201ENST00000384766 95 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 RNA5SP219-201ENST00000390940 113 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 TANK-203ENST00000402568 878 ntTSL 5 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 RNU4-25P-201ENST00000410569 230 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 RNU4-6P-201ENST00000410804 122 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 RNA5SP107-201ENST00000411358 122 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 RPL30P2-201ENST00000414021 291 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AL139095.3-201ENST00000419672 1203 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC069213.2-201ENST00000420238 366 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC092168.2-201ENST00000430586 717 ntTSL 3 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 SNAP23P1-201ENST00000433229 246 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 RPL12P18-201ENST00000437175 325 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 CYCSP12-201ENST00000437729 300 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AL138921.2-201ENST00000443919 578 ntTSL 5 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 LINC01952-202ENST00000450016 281 ntTSL 3 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC010733.1-201ENST00000451515 401 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC246785.3-201ENST00000455105 314 ntTSL 5 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 LINC02377-201ENST00000500169 450 ntTSL 3 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC008945.1-201ENST00000505144 499 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 HIGD1AP13-201ENST00000509878 289 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC025475.1-201ENST00000512939 487 ntTSL 3 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC136777.1-201ENST00000517765 369 ntTSL 4 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC022360.1-201ENST00000521058 340 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 CARD16-203ENST00000525374 503 ntTSL 3 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC023442.1-201ENST00000531247 422 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC090023.2-201ENST00000540875 545 ntTSL 3 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 LINC01269-201ENST00000553682 602 ntTSL 4 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AF107885.2-202ENST00000557653 448 ntTSL 5 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC100821.2-201ENST00000565668 440 ntTSL 2 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 FAM27E4-201ENST00000605259 342 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 FGF1-214ENST00000612258 3805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AL353662.3-201ENST00000625131 237 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 UBA3-213ENST00000631029 123 ntTSL 5 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AL732372.2-225ENST00000642124 456 ntBASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 ZNF761-203ENST00000454407 3967 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 NPIPB9-201ENST00000357796 2037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 TBC1D5-201ENST00000253692 7854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 CACNB4-234ENST00000636785 3787 ntTSL 5 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 SMC2-202ENST00000374787 4266 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 N4BP2L2-204ENST00000399396 2872 ntTSL 5 BASIC6.16□□□□□ -1.42
USP4Q13107 ZNF734P-201ENST00000419494 1534 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 OR2AT4-204ENST00000641593 8733 ntAPPRIS P1 BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 BRIP1-202ENST00000577598 3969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC008695.1-201ENST00000514667 6393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AL359955.1-201ENST00000455242 3275 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AFP-202ENST00000395792 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 LIPI-201ENST00000344577 1652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 CYP7A1-201ENST00000301645 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 ZNF486-201ENST00000335117 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 RNU6-593P-201ENST00000364716 112 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 RNA5SP211-201ENST00000365516 117 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 RN7SKP151-201ENST00000410230 316 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 RN7SKP293-201ENST00000411389 296 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 GJA6P-201ENST00000415117 1042 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 Z93019.1-201ENST00000416450 973 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 LINC00276-201ENST00000417751 596 ntTSL 2 BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC015977.1-201ENST00000418887 292 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AL109947.1-201ENST00000423747 382 ntTSL 2 BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC073283.2-202ENST00000426892 591 ntTSL 4 BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC007566.1-201ENST00000427458 643 ntTSL 5 BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC093106.2-201ENST00000428212 385 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC126120.1-201ENST00000431082 470 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 EZH2P1-201ENST00000431167 291 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 NRBF2P3-201ENST00000432731 865 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 RPL5P30-201ENST00000465511 891 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 UBA52P7-201ENST00000486088 380 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AL035690.1-201ENST00000490892 383 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC008592.4-201ENST00000509999 450 ntTSL 3 BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC139365.2-201ENST00000517972 253 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 LECT2-205ENST00000522943 574 ntTSL 3 BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AL358913.1-201ENST00000554342 121 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 AC012443.1-201ENST00000605605 231 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 LINGO2-204ENST00000613945 2981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 RNA5SP439-201ENST00000617595 124 ntBASIC6.15□□□□□ -1.42
USP4Q13107 LINC01553-203ENST00000521074 4329 ntTSL 1 (best) BASIC6.15□□□□□ -1.43
USP4Q13107 SEPT7-203ENST00000399035 4066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC6.15□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC091045.1-201ENST00000561460 2277 ntTSL 5 BASIC6.15□□□□□ -1.43
USP4Q13107 SYCP2L-207ENST00000543878 2436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.15□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL589740.1-207ENST00000607823 1962 ntTSL 5 BASIC6.15□□□□□ -1.43
USP4Q13107 XPNPEP3-201ENST00000357137 7988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.15□□□□□ -1.43
USP4Q13107 UNC5C-205ENST00000610318 9403 ntTSL 5 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 NAV2-AS5-201ENST00000528726 3307 ntTSL 1 (best) BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 TLR6-201ENST00000381950 2938 ntAPPRIS P1 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 BX322639.1-201ENST00000609841 6590 ntTSL 4 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 ZBTB38-222ENST00000637056 6056 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 GLRA2-204ENST00000443437 3182 ntTSL 2 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNU6-562P-201ENST00000362731 107 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 Y_RNA.455-201ENST00000384230 98 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNU6-550P-201ENST00000391057 101 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 CCDC126-203ENST00000410069 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL390243.1-201ENST00000422038 708 ntTSL 2 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RSL24D1P6-201ENST00000426934 401 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC016027.5-201ENST00000427227 210 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 LINC02528-202ENST00000434437 535 ntTSL 2 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL133481.3-201ENST00000456546 333 ntTSL 3 BASIC6.14□□□□□ -1.43
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