Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms