Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
COL4A3Q01955 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
COL4A3Q01955 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms