Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC25.45■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL18A1P39060 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
COL18A1P39060 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms