Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC39Q9UFE4 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms