Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM28Q13263 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM28Q13263 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
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