Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC32.44■■■□□ 2.78
CUX1P39880 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
CUX1P39880 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
CUX1P39880 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
CUX1P39880 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC32.44■■■□□ 2.78
CUX1P39880 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
CUX1P39880 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC32.44■■■□□ 2.78
CUX1P39880 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.44■■■□□ 2.78
CUX1P39880 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.44■■■□□ 2.78
CUX1P39880 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.44■■■□□ 2.78
CUX1P39880 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
CUX1P39880 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
CUX1P39880 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC32.42■■■□□ 2.78
CUX1P39880 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
CUX1P39880 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC32.42■■■□□ 2.78
CUX1P39880 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC32.42■■■□□ 2.78
CUX1P39880 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
CUX1P39880 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
CUX1P39880 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
CUX1P39880 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
CUX1P39880 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
CUX1P39880 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC32.41■■■□□ 2.78
CUX1P39880 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
CUX1P39880 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
CUX1P39880 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC32.4■■■□□ 2.78
CUX1P39880 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
CUX1P39880 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
CUX1P39880 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC32.4■■■□□ 2.78
CUX1P39880 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC32.4■■■□□ 2.78
CUX1P39880 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
CUX1P39880 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
CUX1P39880 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
CUX1P39880 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
CUX1P39880 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
CUX1P39880 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
CUX1P39880 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
CUX1P39880 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
CUX1P39880 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
CUX1P39880 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
CUX1P39880 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC32.39■■■□□ 2.78
CUX1P39880 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.38■■■□□ 2.77
CUX1P39880 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
CUX1P39880 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC32.37■■■□□ 2.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms