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| RUNX3 | Q13761 | AL391834.2-201 | ENST00000609982 | 546 nt | BASIC | 3.96 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL049777.1-201 | ENST00000622740 | 518 nt | BASIC | 3.96 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RBMS3-AS3-202 | ENST00000635847 | 738 nt | TSL 5 BASIC | 3.96 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAM133A-201 | ENST00000322139 | 3292 nt | APPRIS P1 TSL 4 BASIC | 3.96 | □□□□□ -1.78 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | CTXN2-201 | ENST00000417307 | 2828 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.96 | □□□□□ -1.78 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | STXBP4-201 | ENST00000376352 | 15590 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 3.95 | □□□□□ -1.78 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | UBTFL9-201 | ENST00000534504 | 1148 nt | BASIC | 3.95 | □□□□□ -1.78 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | LINC2194-201 | ENST00000567127 | 454 nt | TSL 3 BASIC | 3.95 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC104072.1-201 | ENST00000568817 | 668 nt | BASIC | 3.95 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC126365.2-201 | ENST00000580630 | 379 nt | BASIC | 3.95 | □□□□□ -1.78 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | MIR325HG-208 | ENST00000630388 | 1043 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.95 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | GABRG2-214 | ENST00000639111 | 11735 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.95 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CLUL1-208 | ENST00000581619 | 2449 nt | TSL 2 BASIC | 3.95 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007342.7-201 | ENST00000624610 | 2337 nt | BASIC | 3.95 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND4P9-201 | ENST00000507819 | 1346 nt | BASIC | 3.95 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SDCBP-213 | ENST00000630925 | 2076 nt | TSL 5 BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ADGRL2-207 | ENST00000370723 | 5254 nt | TSL 5 BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RAG2-201 | ENST00000311485 | 2388 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR6C74-201 | ENST00000343870 | 1105 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC019155.1-201 | ENST00000382242 | 574 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR620-201 | ENST00000385232 | 95 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR199A2-201 | ENST00000385289 | 110 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | STON1-GTF2A1L-202 | ENST00000394754 | 3824 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ATP5F1P4-201 | ENST00000397288 | 746 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU4-27P-201 | ENST00000410889 | 139 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL391863.2-201 | ENST00000411838 | 681 nt | TSL 2 BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL357500.1-201 | ENST00000413004 | 279 nt | TSL 3 BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL645465.1-201 | ENST00000417765 | 642 nt | TSL 3 BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC068533.1-201 | ENST00000418542 | 415 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL590609.2-201 | ENST00000421430 | 368 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL512637.2-201 | ENST00000431287 | 1256 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PTP4A1P3-201 | ENST00000433661 | 420 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HSPD1P21-201 | ENST00000436541 | 245 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL353613.1-201 | ENST00000443163 | 530 nt | TSL 3 BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HMGB1P5-202 | ENST00000451497 | 985 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FCF1P6-201 | ENST00000456841 | 595 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL136097.2-201 | ENST00000457003 | 333 nt | TSL 2 BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092691.3-201 | ENST00000482766 | 510 nt | TSL 3 BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DNAJC12-205 | ENST00000483798 | 769 nt | TSL 3 BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC106707.2-201 | ENST00000484182 | 374 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC104619.4-201 | ENST00000510773 | 249 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC093535.1-201 | ENST00000515808 | 747 nt | TSL 3 BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-415P-201 | ENST00000516252 | 97 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SOD1P3-201 | ENST00000518682 | 454 nt | BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC087439.2-201 | ENST00000519498 | 552 nt | TSL 3 BASIC | 3.94 | □□□□□ -1.78 | | |