Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms