Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL5A3P25940 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms