Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms