Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VAMP4O75379 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms