Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms