Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms