Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SF3A1Q15459 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms