Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC25.33■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHANK3Q9BYB0 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms