Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms