Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
NPHP3Q7Z494 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
NPHP3Q7Z494 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
NPHP3Q7Z494 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
NPHP3Q7Z494 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
NPHP3Q7Z494 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
NPHP3Q7Z494 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
NPHP3Q7Z494 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
NPHP3Q7Z494 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
NPHP3Q7Z494 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
NPHP3Q7Z494 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
NPHP3Q7Z494 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
NPHP3Q7Z494 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
NPHP3Q7Z494 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
NPHP3Q7Z494 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms