Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SF3A1Q15459 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms