Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PDLIM3Q53GG5 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms