Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
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