Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP4Q13107 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP4Q13107 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP4Q13107 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
USP4Q13107 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
USP4Q13107 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
USP4Q13107 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
USP4Q13107 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
USP4Q13107 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
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