Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms