Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL5A3P25940 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms