Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88BA6NC98 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC33.95■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC33.95■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC33.93■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC33.93■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC33.93■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC33.93■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC33.93■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.92■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC33.92■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC33.92■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC33.92■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC33.92■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC33.92■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC33.91■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC33.91■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC33.91■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC33.91■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC33.9■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC33.9■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.9■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88BA6NC98 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC33.88■■■■□ 3.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms