Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75 ms