Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM28Q13263 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
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