Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms