Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.8 ms